Scooby y la pandilla pierden los nervios cuando un anónimo villano enmascarado siembra el caos en la ciudad de Coolsville con una monstruosa máquina que recrea enemigos clásicos de Misterios S.A., como el fantasma del Pterodáctilo, el del Caballero Negro, el del Capitán Cutler y el fantasma de los 10.000 voltios.Presionados por la implacable reportera Heather Jasper-Howe y por los aterrorizados ciudadanos de Coolsville, los miembros de la pandilla emprenden una investigación sobre el misterioso brote de monstruos que hace que Shaggy y Scooby se cuestionen sus papeles en la empresa de detectives. El desaforado dúo, decidido a demostrar sus habilidades, se disfrazan de manera extravagante en búsqueda de pistas. Mientras tanto, la inteligente Velma se queda conmocionada con el principal sospechoso, y el egocéntrico Fred y la coqueta Daphne intentan determinar la identidad de la malvada figura enmascarada que está liberando los monstruos en Coolsville.