カントー地方のクチバシティにあるサクラギ研究所のリサーチフェロー(特別研究員)となったサトシとゴウ。 最初の仕事は、街で謎の大行進をしているフシギソウについて調査すること。 早速、街に出てみると、フシギソウたちはとある場所に向かっていた。 サトシとゴウがフシギダネ、フシギソウ、フシギバナの秘密に迫る！！